Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

Réf : BMC-19

Télécharger le programme Télécharger le synopsis S'inscrire à la formation

Durée

2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Les 3 & 4 octobre 2024

Pédagogie

Effectif : 12 personnes
Exercices d’application et études de cas
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap

Frais pédagogique

1200€ HT / Académiques : 1080€ HT
Déjeuners offerts

Formateur

Dr J. Lachuer

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes

Prérequis

Notions de Biologie Moléculaire

Durée

2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 12 personnes
Exercices d’application et études de cas
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

Dr J. Lachuer

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes

Prérequis

Notions de Biologie Moléculaire

Objectifs / Compétences

de la formation méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

  • Connaitre les principaux protocoles d’extraction des acides nucléiques, les méthodes d’évaluation de leur qualité, les méthodes de quantification, les méthodes de conservation et les méthodes de transport des échantillons ou des acides nucléiques
  • Détecter et résoudre des problèmes liés à l’extraction (présence de polluants)
  • Connaître les différentes approches de séquençage haut débit pour l’étude de génotypes chez des espèces modèles ou non
  • Connaitre les différentes approches de séquençage haut débit pour l’étude du transcriptome chez des espèces modèles ou non
  • Connaitre les techniques d’amplification d’ARN et d’ADN avant la construction de librairies pour le séquençage
  • Evaluer la qualité d’une analyse de séquençage (qualité des extractions d’acides nucléiques, qualité des librairies, qualité des données de séquençage)
  • Dessiner une expérience en fonction de la problématique biologique posée
  • Calculer des profondeurs de séquençage, des couvertures de séquençage
  • Choisir entre une stratégie single read et paired end
  • Choisir la taille des séquences à générer
  • Savoir multiplexer des analyses
  • Connaitre les principes de combinaisons d’index
  • Connaitre les techniques d’enrichissement cellulaires
S'inscrire à la formation

Programme de la formation: Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

Préparation d’échantillons pour le séquençage NGS dans le cadre d’étude sur le transcriptome, génome, régulome, épigénome et métagénome

Les techniques de prélèvement, de transport, de conservation des échantillons biologiques

Les techniques d’extraction d’acides nucléiques (ARN, ADN, miRNA) sur échantillons frais, congelés ou fixés

Le cas des plantes, des insectes, des bactéries et d’échantillons complexes

Les méthodes de quantification et de qualification des acides nucléiques. La détection de contamination

Les techniques d’amplification des ADN, ARN ou miRNA avant séquençage

Les technologies de séquençage

Les technologies de séquençage 2ème et 3ème génération

Le vocabulaire du séquençage (notion de profondeur, couverture…)

Quelle technologie choisir en fonction des analyses à réaliser (courts ou longs fragments)

Les méthodes d’analyse du transcriptome et du miRNome

Les techniques de mRNA-seq ou de wholeRNA-seq (eucaryotes, procaryotes et virus)

Les analyses possibles à partir de données RNA-seq (étude de polymorphismes, ARN fusion, variants d’épissage, etc..)

RNAseq sur cellules fixées ou échantillons dégradés

RNAseq sur microquantités (<1ng)

Les techniques d’enrichissement d’ARN

Les techniques de séquençage de novo

Le séquençage des miRNA (smallRNA-seq)

Exemple d’analyse à partir d’exosomes ou de fluides biologiques

Autres applications du NGS sur les ARN (GROseq, RIPseq, CLASHseq)

Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….

Les méthodes d’analyse du génome et du régulome

Les techniques de DNA seq (eucaryotes, procaryotes et virus)

Les techniques d’enrichissement de génome ou partie de génome

DNAseq sur cellules fixées (FFPE) et échantillons dégradés

DNAseq sur microquantités

Application pour l’étude de variants structuraux

Application au séquençage de novo

Principes et applications de quelques technologies (ATAC seq, FAIRE seq…..)

Etude de la méthylation par BS-seq (Bisulfite séquencing)

Etude de la méthylation par RRBS (Reduced representation bisulfite sequencing)

Etude de régulome par ChIP-seq

Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….

Etude du métagénome

Dans ce chapitre sont abordées les technologies permettant de caractériser une population bactérienne, virale ou fongique dans différents contextes de microbiote

Les technologies d’analyse abordées seront

  • Analyse de rADN 16S (bactéries)
  • Analyse des ITS (Internal Transcribed Spacer)
  • Analyse par Shotgun

Les technologies d’enrichissement de génome ou transcriptome par rapport à des génomes hôtes seront présentées et des exemples de cas analysés au cours de la séance.

Autres applications du NGS

Dans ce chapitre seront abordées les technologies permettant de rechercher l’association entre génotype et phénotype dans différents systèmes biologiques.
Ces technologies abordées seront :

Le transposon-Seq (Tn-seq, INS-seq),

Le barecoding seq (Bare-Seq)

Autres technologies

Les technologies d’analyse génomique sur cellules uniques

Les technologies de séparation des cellules individuellement (capture laser, techniques de dropplet, de microfluidique, de dilution, de DEP, etc…)

Les approches pour l’analyse du transcriptome, du génome et du méthylome sur cellules uniques

Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

Réf : BMC-19

Pour nous contacter par téléphone

S'inscrire à la formation

    Dernière modification le 26 mars 2024 à 11h27