Modélisation de la structure 3D des protéines

Réf : BIF-41

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Durée

1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant

Accessibilité

Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap

Frais pédagogique

600€ HT / Académiques : 540€ HT
Déjeuner offert

Formateur

Dr E. Bettler

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens

Prérequis

Aucun

Durée

1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant

Accessibilité

Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

Dr E. Bettler

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens

Prérequis

Aucun

Objectifs / Compétences

de la formation modélisation de la structure 3D des protéines

  • Retenir les notions de bases de la modélisation moléculaire via AlphaFold et par homologie
  • Retenir les notions de superposition 3D, de RMSD, LDDT, d’énergie de conformation
  • Identifier les différentes options du notebook Colabfold AlphaFold
  • Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
  • Estimer quand une modélisation de protéine est possible
  • Juger des prérequis à une bonne modélisation
  • Rendre compte de la qualité d’un modèle
  • Mettre en pratique les notions vues pour modéliser une protéine
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Programme de la formation: Modélisation de la structure 3D des protéines

Notions de bases sur la modélisation moléculaire

La modélisation via AlphaFold

La modélisation par homologie

Les prérequis nécessaires et les conditions pour une bonne modélisation

Présentation et prise en main du webiciel Colabfold AlphaFold

Présentation et prise en main du logiciel YASARA

Exercice d’application permettant de réaliser son 1er modèle de protéine

Notions sur le choix d’une bonne empreinte pour la modélisation

Importance de l’alignement entre la séquence à modéliser et la séquence de l’empreinte

Insertion de mutations dans la séquence du modèle si besoin

Exercices d’application permettant de réaliser une modélisation en imposant une empreinte et/ou un alignement de séquence modèle/empreinte

Analyse du modèle obtenu

Vue d’ensemble des critères et logiciels permettant de déterminer la qualité du modèle construit (RMSD, énergie…)

Construction manuelle de boucles

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée et de réaliser et analyser une modélisation complète, d’ajouter des boucles manquantes, d’ajouter un ligand…

Modélisation de la structure 3D des protéines

Réf : BIF-41

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    Dernière modification le 8 mars 2024 à 11h12