Docking protéine-ligand avec le logiciel YASARA

• Session :
  • Le 25 novembre 2022 à Lyon

// De 9h à 17h

• Durée : 1 journée – 7 heures

• Pédagogie : Effectif : 10 Personnes

50% de pratique – Exercices d’application

Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

• Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur individuel

• Accessibilité : 

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

• Référence : BIF-43

• Frais pédagogiques :

530 € HT – Académiques : 480 € HT

Déjeuner offert

• Formateur  :

Dr. E. Bettler

• Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

• Prérequis :

Aucun

PROGRAMME

1. Notions de base sur le docking en fonction des connaissances à disposition

Les prérequis nécessaires, les conditions pour bien préparer les structures de la protéine et du/des ligands pour un docking

Présentation et prise en main du logiciel YASARA – Exercice d’application permettant de préparer des structures 3D de protéine et de ligand

2. Les différentes façons de lancer un docking

Mode graphique ou texte

Ligne de commande ou script

Exercices d’application permettant de lancer un docking en ligne de commande ou via un script

3. Validation et analyse d’un docking

Vue d’ensemble des termes et calculs permettant de déterminer la qualité (RMSD, énergie de liaison…)

Simple docking vs screening

Optimisation d’un précédent docking

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée, de lancer et analyser un docking complet.

OBJECTIFS/COMPETENCES

• Retenir les notions à la base du docking protéine/ligand
• Retenir les notions d’espace conformationnel, de RMSD, d’énergies…
• Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
• Estimer quand un docking est possible
• Juger des prérequis à un bon docking
• Rendre compte de la qualité d’un docking
• Mettre en pratique les notions vues pour docker un/des ligands et une protéine