Dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d'une protéine

• Session :
  • Le 24 novembre 2022 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

• Durée : 1 journée – 7 heures

• Pédagogie : Effectif : 10 Personnes

50% de pratique – Exercices d’application

Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

• Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur individuel

• Accessibilité : 

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

• Référence : BIF-42

• Frais pédagogiques :

530 € HT – Académiques : 480 € HT

Déjeuner offert

• Formateur :

Dr. E. Bettler

• Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

• Prérequis :

Aucun

PROGRAMME

1. Notions de bases sur la dynamique moléculaire

Dynamique quantique vs dynamique moléculaire

Les prérequis nécessaires, les conditions pour bien préparer une structure pour une dynamique moléculaire

Présentation et prise en main du logiciel YASARA – Exercice d’application permettant de préparer une structure 3D de protéine

2. Les différentes façons de lancer une dynamique moléculaire 

CPU/GPU

Les temps de simulation vs les temps biologiques

Exercices d’application permettant de lancer une dynamique moléculaire en ligne de commande ou via un script.

3. Validation et analyse d’une dynamique moléculaire

Vue d’ensemble des termes et calculs permettant de déterminer la qualité d’une dynamique (RMSD, rayon de gyration…)

Manipulation de cette dynamique pour faire ressortir certains paramètres précis (distance entre certains résidus, RMSD2D…)

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée, de lancer et analyser une dynamique moléculaire complète

OBJECTIFS/COMPETENCES

• Retenir les notions de bases de la dynamique moléculaire
• Retenir les notions de CPU/GPU, énergies, trajectoire, RMSD…
• Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
• Estimer l’intérêt d’une dynamique moléculaire
• Rendre compte de la qualité d’une dynamique moléculaire
• Analyser et extraire les informations essentielles d’une dynamique moléculaire
• Mettre en pratique les notions vues pour réaliser et analyser une dynamique moléculaire