Dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d'une protéine

Sessions :

Le 13 septembre 2018 à Lyon

Le 12 septembre 2019 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

Durée : 1 journée – 7 heures

Pédagogie :

Effectif : 10 Personnes
50% de pratique
Chaque auditeur disposera d’un poste informatique individuel pendant la formation
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BIF-42

> Frais pédagogiques :

500 € HT

Académiques : 450 € HT

> Intervenant :

Dr. E. Bettler

> Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

PROGRAMME

Après un bref rappel sur les principes de la dynamique moléculaire, nous aborderons les notions de mécanique quantique vs mécanique moléculaire et dynamique moléculaire. Nous verrons comment préparer une structure et lancer une dynamique moléculaire. Nous terminerons sur l’analyse d’une dynamique moléculaire et les données qu’on peut en retirer (automatiquement et via le scripting).

Lors de cette formation, les notions suivantes seront abordées:

• Préparation d’une simulation (vérification des protéines, prédiction des pKa, assignation des hydrogènes…)

• Les champs de force

• Dynamique sur CPU et/ou GPU

• Lancement en mode graphique ou texte

• Calcul d’énergies (énergie de liaison, de solvatation…) et du potentiel électrostatique

• Manipulation des simulations (fixer ou libérer des atomes, ajout des contraintes…)

• Analyse d’une dynamique (trajectoire, RMSDs…)

OBJECTIFS

• Comprendre l’intérêt d’une dynamique moléculaire et dans quel contexte l’utiliser
• Savoir lancer et analyser une dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA

A l’issue de cette formation, vous serez en mesure de :

• Juger des conditions nécessaires afin de réaliser une dynamique moléculaire
• Préparer des structures pour une dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA
• Lancer une dynamique sur les machines de votre choix avec le logiciel YASARA (cluster, CPU+GPU)
• Analyser une simulation de manière automatique ou via un script