Formations théoriques & ateliers pratiques

Modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA

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Sessions :

Le 12 septembre 2018 à Lyon

Le 11 septembre 2019 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

Durée : 1 journée – 7 heures

Pédagogie :

Effectif : 10 Personnes
50% de pratique
Chaque auditeur disposera d’un poste informatique individuel pendant la formation
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BIF-41

> Frais pédagogiques :

500 € HT

Académiques : 450 € HT

> Intervenant :

Dr. E. Bettler

> Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.


PROGRAMME

Il s’agit d’aborder la modélisation par homologie et de l’appliquer à l’aide du logiciel YASARA Structure. Les différents types de modélisation seront tout d’abord rappelés avec leur avantages et inconvénients. Puis nous aborderons la modélisation par homologie avec ses prérequis, la modélisation complètement automatique, semi-automatique et enfin l’analyse et la validation des modèles obtenus via cette technique.

  • Visualisation des macromolécules

  • Superposition et alignement de structures

  • Calcul et visualisation des surfaces

  • Visualisation des interactions non liantes, des contacts et liaisons hydrogènes.

  • Mutations de résidus et manipulations de domaines des protéines (ajout/suppression)

  • Construction de boucles.

 

OBJECTIFS

  • Comprendre le principe de la modélisation par homologie
  • Réaliser ses propres modèles à l’aide du logiciel YASARA

 

  • A l’issue de cette formation, vous serez en mesure de :
    • Comprendre l’intérêt de la modélisation moléculaire et dans quel contexte l’utiliser
    • Analyser la structure 3D de biomolécules
    • Modéliser de petites comme de grosses macromolécules protéiques
    • Juger de la qualité de structures 3D de protéines
    • Modifier la structure 3D de protéines : muter certains résidus, reconstruire ou enlever certains domaines protéiques…

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