Formation théorique & ateliers pratiques

Modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA

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  • Session :
    • Le 13 octobre 2021 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

  • Durée : 1 journée – 7 heures
  • Pédagogie : Effectif : 10 Personnes

50% de pratique – Exercices d’application

Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

  • Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours couleur // Un paperboard // Un ordinateur individuel

  • Accessibilité : 

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

  • Référence : BIF-41
  • Frais pédagogiques :

530 € HT – Académiques : 480 € HT

Déjeuner offert

  • Formateur :

Dr. E. Bettler

  • Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

  • Prérequis : 

Aucun


PROGRAMME

 

1. Notions de bases sur la modélisation moléculaire

La modélisation par homologie

Les prérequis nécessaires et les conditions pour une bonne modélisation

Présentation et prise en main du logiciel YASARA – Exercice d’application permettant de réaliser son 1er modèle de protéine

2. Notions sur le choix d’une bonne empreinte pour la modélisation

Importance de l’alignement entre la séquence à modéliser et la séquence de l’empreinte

Insertion de mutations dans la séquence du modèle si besoin

Exercices d’application permettant de réaliser une modélisation en imposant une empreinte et/ou un alignement de séquence modèle/empreinte

3. Analyse du modèle obtenu

Vue d’ensemble des critères et logiciels permettant de déterminer la qualité du modèle construit (RMSD, énergie…)

Construction manuelle de boucles

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée et de réaliser et analyser une modélisation complète, d’ajouter des boucles manquantes, d’ajouter un ligand…

OBJECTIFS/COMPETENCES

  • Retenir les notions de bases de la modélisation moléculaire par homologie
  • Retenir les notions de superposition 3D, de RMSD, d’énergie de conformation
  • Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
  • Estimer quand une modélisation de protéine est possible
  • Juger des prérequis à une bonne modélisation
  • Rendre compte de la qualité d’un modèle
  • Mettre en pratique les notions vues pour modéliser une protéine

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Dernière modification le 5 janvier 2021 à 10:09