Formation théorique

Modélisation, dynamiques, analyses et interactions basées sur la structure 3D de protéine

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  • Session :

Les 12, 13 et 14 septembre 2018 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

  • Durée : 3 journées – 21 heures
  • Pédagogie : Effectif : 12 Personnes
    50% de pratique
    Chaque auditeur disposera d’un poste informatique individuel pendant la formation
    Remise de support de cours
    La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
  • Référence : BIF-40
  • Frais pédagogiques : 1200 € HT / Académiques : 1050 € HT
  • Intervenant : Dr. E. Bettler
  • Public concerné : Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

PROGRAMME

Utilisation de YASARA. Modélisation de la structure 3D des protéines

Présentation et découverte du logiciel YASARA Structure.

Lors de cette formation, les notions suivantes seront abordées:

Visualisation des macromolécules, superposition et alignement de structures, calcule et visualisation des surfaces, visualisation des interactions non liantes, des contacts et liaisons hydrogènes.

Constructions de petites molécules (incluant les oligosaccharides), mutations de résidus et manipulations de domaines des protéines (ajout/suppression), reconstruction de boucles.

Une attention particulière sera apportée à la modélisation de protéines par homologie.

Dynamique moléculaire. Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine

Lors de cette formation, un bref rappel sera fait sur les principes de la dynamique moléculaire.
Préparation d’une simulation (vérification des protéines, prédiction des pKa, assignation des hydrogènes…), les champs de force, dynamique sur CPU et/ou GPU, en mode graphique ou texte, calcule d’énergies (énergie de liaison, de solvatation…) et du potentiel électrostatique, manipulation de simulation (fixé ou libéré des atomes, ajout des contraintes…), analyse d’une dynamique (trajectoire, RMSDs…).

 

Docking protéine-ligand avec YASARA

Lors de cette formation, un bref rappel sera fait sur les principes du docking. Seront ensuite abordés les notions:

Docking de petites molécules à l’aide des logiciels Autodock et VINA.

Calcule de l’énergie de liaison et de la constante d’inhibition. Optimisation du ligand.

 

OBJECTIFS

  • A l’issue de cette formation, vous saurez préparer, lancer et analyser une simulation avec le logiciel YASARA.
  • A l’issue de cette formation, vous serez en mesure d’explorer, analyser et modéliser de petites comme de grosses macromolécules.
  • A l’issue de cette formation vous saurez lancer un docking de petite molécule avec YASARA, analyser les résultats et optimiser le ligand dans le site actif.

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