Formation théorique

Conduite d'un projet NGS : du séquençage à l'analyse Bio-informatique

> Session :

Le 13 juin  2017 à Lyon

> Durée : 1 journée – 7 heures

> Pédagogie : Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une riche iconographie (films et photos) que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BMC-20

> Frais pédagogiques

550 € HT

Académiques : 500 € HT

> Intervenant :

Dr. F. Rechenmann – Génostar

> Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de NGS.
Pré-requis : cette formation s’adresse aux microbiologistes connaissant l’organisation générale des génomes procaryotes (promoteur, gène, RBS, plasmide) et le principe général du séquençage de l’ADN(méthode de Sanger).


PROGRAMME

LES NGS : PRINCIPES ET APPLICATIONS

Les différentes technologies de séquençage (Illumina, 454, PacBio, Solid,…) : principes, comparaisons et domaines d’application.
Projets de recherche et stratégie de séquençage : séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, détection de variants, métagénome, métatranscriptome.

L’ASSEMBLAGE DES SÉQUENCES

Notions de reads, contigs, scaffolds
Traitement des jeux de données brutes : import, trimming, filtering, multiplexing • Assemblage de novo ou avec référence
Estimation de la qualité de l’assemblage

 

ETUDES DE CAS

Comparaison de plusieurs sérotypes d’une même bactérie
Construction d’un génome de référence fiable et recircularisé
Recherche de gènes spécifiques chez une souche bactérienne inconnue
Suivi de stabilité génétique au cours d’un process industriel
Analyse RNAseq de l’impact d’un changement de process sur le métabolisme

 

PRINCIPES FONDAMENTAUX DE GESTION ET DE SUIVI DE PROJETS DE SÉQUENÇAGE

Définition du projet et stratégie de séquençage adaptée
Choix d’un prestataire de séquençage et analyse de devis • Grandes étapes du projet et suivi de la réalisation
Analyses post-séquençage

OBJECTIFS

  • Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS
  • Choisir la technologie de séquençage en fonction du projet de recherche, connaitre les analyses possibles sur les jeux de données obtenus
  • Réaliser le plan d’expérience
  • Décrypter les devis des prestataires de séquençage : technologies, paramètres,
    options.
  • Evaluer la qualité du séquençage et de l’assemblage

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