Formation théorique & Pratique

Data-omics en cancérologie : utilisation des bases de données publiques

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> Sessions :

Les 27 (journée) & 28 (matin) septembre 2018 à Lyon

Les 13 & 14 juin 2019 à Lyon

> Durée : 1,5 journées – 10,5 heures

> Pédagogie : Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une alternance de cours théoriques et de travaux pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BIF-25

> Frais pédagogiques :

900€ HT / Académiques : 750 € HT

> Intervenants : Lyon Synergie Cancer

  • Mme E. Thomas
  • M. V. Le Texier

> Public concerné :

Biologistes (chercheurs, ingénieurs, étudiants) s’intéressant à la  génomique du cancer et souhaitant faire le point sur les bases de données publiques (NGS ou biopuces, ADN ou ARN) disponibles, et l’utilité de chacune en fonction de leurs projets.

> Pré-requis :

Ce module nécessite des connaissances de base en utilisation du logiciel R.


PROGRAMME

De la séquence aux bases de données

Les grands projets de séquençage (historique, technologies NGS, Big Data).
Vue d’ensemble des principales ressources en génomique du cancer.
Description des bases de données par type d’annotation (variation génétique, type de cancer), exemple avec Cosmic.
Les outils d’analyse pour explorer les données omics.

Les  grands projets internationaux

TCGA (accès aux données, visualisation, exploration).
ICGC (accès aux données, visualisation, exploration).
Des exemples de questions biologiques seront réalisés en TP.

OBJECTIFS

  • Acquérir une connaissance générale sur les bases de données disponibles en génomique du cancer.
  • Acquérir des notions sur les différents types de données NGS disponibles, leurs modalités d’accès et les utilisations possibles.
  • Comprendre comment exploiter au mieux les données publiques via des outils d’analyse en ligne dédiés.

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