Initiation à la phylogénie Moléculaire

> Session :

En intra, sur demande

> Durée :

2 journées – 14 heures

> Pédagogie :

Effectif : 12 Personnes
Travaux tutorés & Ateliers pratiques
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

> Référence : BIF-09A

> Frais pédagogiques

Sur devis

> Formateur :

• Dr G Perrière

> Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) voulant s’initier à la phylogénie Moléculaire.

PROGRAMME

Comprendre et savoir utiliser les programmes d’alignement et de recherche de simularités

Alignements simples et multiples

Recherche par profils.

Filtrage des alignement.

Maîtriser les concepts propres à la phylogénie :

Notion d’homologie.

Représentation des arbres.

Racinement d’un arbre.

Acquérir les connaissances de base sur les modèles utilisés en phylogénie.

Comprendre et savoir utiliser les méthodes de parcimonie et de distance.

Pouvoir évaluer la fiabilité d’une phylogénie au moyen du bootstrap.

Utilisation des logiciels BLAST, SeaView, DNApars et BioNJ.

OBJECTIFS/COMPÉTENCES

• Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de recherche de similarités dans les banques.
• Savoir identifier des séquences homologues utilisables pour une reconstruction phylogénétique et construire un jeu de données approprié.
• Connaître les limites et les biais possibles des méthodes et des modèles.
• Pouvoir construire puis interpréter une phylogénie au moyen du programme SeaView.