Formation théorique & Pratique

Initiation à la programmation pour l’analyse de données génomiques

S'inscrire

> Sessions :

Les 25, 26 & 27 juin 2018 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

> Durée :

3 journées – 21 heures

> Pédagogie :

Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une alternance de cours théoriques et de travaux pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BIF-21

> Frais pédagogiques

1500 € HT

Académiques : 1300 € HT

> Intervenants :

Synergie Lyon Cancer

M. Christian Baudet

Mme Anne-Sophie Sertier

> Public concerné :

Personnels scientifiques et techniques souhaitant analyser des données génétiques.

> Pré-requis :

Connaître l’environnement Unix et savoir utiliser un terminal (commandes de bases et navigation dans l’arborescence de répertoires, etc.).


PROGRAMME

Introduction au langage Python

Les bases de la programmation Python sont explorées à travers l’utilisation de l’interpréteur.

Les notions de programmation nécessaires à l’élaboration d’un programme complet sont ensuite détaillés et mis en pratique via la création de petits scripts.

Les bibliothèques utiles pour la génomique (par ex. Biopython, pyVCF, pyFASTA) sont présentées et utilisées pour la création d’un programme complet.

 

Introduction au langage BASH

Les bases du langage BASH sont explorées à travers l’utilisation de l’interpréteur.

Les données en génomiques

Revue des différents formats de fichiers (Fasta, Fastq, VCF, BED, SAM, BAM, etc.)

Présentation et utilisation des boîtes à outils incontournables pour l’analyse de données génomiques (ex. Bedtools, Samtools, Biobambam)

 

Création de pipelines

Aspects théoriques pour construire un pipeline :

Qu’est-ce qu’un pipeline d’analyse de données ?

Définition des entrées et sorties

Automatisation et parallélisation des tâches.

Adaptation d’un pipeline existant pour répondre à ses besoins

Adapter son jeu de données pour l’intégrer à un pipeline existant (par exemple par la conversion de format).

Adapter un pipeline existant à son jeu de données (par exemple en sélectionnant les tâches d’intérêt).

Création d’un pipeline d’analyse

Conversion de format, analyse de fichiers VCF de variants (filtres des variants), manipulation de fichiers au format BED.

 

OBJECTIFS

  • Savoir écrire des scripts / programmes simples en Bash et Python
  • Savoir adapter un pipeline d’analyse pour ses besoins
  • Automatiser l’exécution d’une liste de tache via la création d’un pipeline.
  • Connaître les différents formats des données de génomiques et les  programmes qui permettent de les manipuler

Télécharger le programme en .pdf

Télécharger

Indiquez votre adresse pour recevoir le fichier par email.

Veuillez laisser ce champ vide.

Imprimer cette fiche

Contactez nous !

Veuillez laisser ce champ vide.

Inscrivez-vous !

Veuillez laisser ce champ vide.