Formation théorique & pratique

Introduction à l'analyse de séquences nucléiques Du séquençage à l'annotation : aspects théoriques et pratiques

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  • Sessions :

Du 19 au 21 mars 2018 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

  • Durée : 3 journée – 21 heures

 

  • Pédagogie : Effectif : 10 Personnes
    La formation repose sur des séances théoriques et pratiques sur machine
    La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

 

  • Référence : BIF-01
  • Frais pédagogiques : 1500 € HT / Académiques : 1350 € HT

 

  • Intervenant : Dr. A-S. Sertier

 

  • Public concerné

Techniciens, Ingénieurs, Chercheurs souhaitant mieux connaitre les outils d’analyse et les bases de données relatives aux séquences nucléiques


PROGRAMME

INTRODUCTION À LA RECHERCHE D’INFORMATION À PARTIR DE SÉQUENCES NUCLÉIQUES

Présentation des bases de données de séquences nucléiques généralistes (GeneBank, EMBL, DDJB) et spécialisées.
Présentation du principe et des méthodes de recherche de séquences par similarité dans les banques.
Présentation des outils d’interrogation des banques

Objectifs :

choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données

 

PRATIQUE : RECHERCHE DE SIMILARITÉ ET INTERROGATION DES BANQUES DE SÉQUENCES NUCLÉIQUES)

Introduction aux technologies NGS (Next Generation Sequencing)
Présentation des différentes technologies de séquençages : leurs avantages et inconvénients et leurs applications.
Présentation des différentes types de données analysées avec les NGS

Objectifs :

Comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l’utilisation des données NGS

 

GENE ONTOLOGY (GO)

Présentation de GO, GO Annotation (GOA), BlastToGo
Objectifs : comprendre le concept d’une ontologie et son utilité pour l’analyse de séquences
Pratique : Utilisation de QuickGO pour naviguer dans GO et rechercher des annotations particulières. Utilisation de BlastToGo pour annoter des séquences

 

ACCÉDER AUX GÉNOMES ET À LEURS ANNOTATIONS

Présentation des différents navigateurs de génomes (dont le projet Ensembl) : avantages et limites de chacun.
Objectifs : Comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur
Pratique : Utilisation d’Ensembl (recherche et visualisation de différentes informations sur un gène donné)
Analyser, manipuler et visualiser des données génomiques sans programmation
Présentation du projet EMBOSS et des plateformes web BioMart et Galaxy

Objectifs :

Apprendre à choisir et utiliser l’outil le mieux adapté à une question donnée
Pratique : Utilisation de BioMart (requêtes simples et complexes) et Galaxy :mise en place d’un workflow (enchaînement de différentes opérations sur un jeu de données)

OBJECTIFS

  • choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données

 

  • Comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l’utilisation des données NGS.

 

  • omprendre le concept d’une ontologie et son utilité pour l’analyse de séquences

 

  • Comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur

 

  • Apprendre à choisir et utiliser l’outil le mieux adapté à une question donnée

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