Formation théorique

Protéines : aspects fondamentaux pour maitriser le choix, la manipulation, la production et la purification de cibles protéiques

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  • Session :
    • Les 2, 3 et 4 octobre 2019 à Lyon
  • Durée : 2,5 journées – 17 heures
  • Pédagogie : Effectif : 12 Personnes
    Remise de support de cours
    La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
  • Référence : BCH-12
  • Frais pédagogiques : 1500 € HT / Académiques : 1350 € HT
  • Intervenant : Dr. P. Falson
  • Public concerné : Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants) ayant besoin de compétences élevées sur les protéines.

PROGRAMME

CONNAISSANCES ESSENTIELLES

Que dois-je connaître des protéines et pour quelles applications pour y parvenir?
Les acides aminés
Structure
Propriétés physicochimiques
Les protéines
Biosynthèse
Repliement et complexes
Forces d’interaction
Répartition des acides aminés
Protéines membranaires
Etudes de cas

COLLECTION DES DONNÉES DISPONIBLES

Quelles informations puis-je obtenir sur ma cible?
Les bases de données : PBIL, EXPASY
Les outils bioinformatiques
Les alignements
Les motifs et domaines
Les prédictions 2D et 3D
Les logiciels d’observation (Swiss PDB viewer, Pymol, autres)
Localisation
La littérature – Pubmed / Scifinder – Google et équivalents
Etudes de cas

COMMENT PRODUIRE MA PROTÉINE ?

Quel matériau privilégier pour quel objectif?
Diagnostic vs production en masse (> 1g)?
Protéine naturelle vs recombinante?
Protéine soluble ou membranaire?
Protéine monomérique, oligomérique, en complexe?
Méthodes d’expression / Production
Expression dans les bactéries
Expression dans les levures
Expression dans les cellules d’insecte
Expression dans Leishmania tarentolæ
Expression dans les cellules de mammifères
Expression in vitro
Usage des codons et optimisation de la séquence
Logiciels de clonage
Sociétés de clonage et clones disponibles
Toxicité
Etudes de cas

COMMENT PURIFIER MA PROTÉINE ?

Quels méthodes sont disponibles?
Fractionnement
Décapage
Extraction à l’aide de détergents
Echange d’ions
Purification sur résines d’affinité
Nickel et équivalents
Anticorps
Streptag
Ligands divers et greffage
Gel de perméation
Gradients
Les appareils

COMMENT OBSERVER MA PROTÉINE?

Méthodes électrophorétiques
SDSPAGE
Tricine PAGE
Blue Native PAGE
Western blot
Méthodes d’observation directe
Immunomarquage in situ
Domaine additionnel (GFP)
En solution
DLS / MALS
spectrophotométrie UV/visible (ligands)
Fluorescence, Centrifugation analytique
Cristallisation
Etudes de cas

OBJECTIFS

  • La formation a pour objet de reprendre en profondeur la constitution des protéines (acides aminés, forces d’interaction, repliement dans l’espace) et leur manipulation à l’aide d’outils bio-informatiques (bases de données, logiciels d’analyse et d’observation 3D) pour aider dans le choix de cibles protéiques et développer une stratégie de production et purification de la protéine d’intérêt. L’étude de cas des participants est possible.

 

  • A l’issue de cette formation, les participants auront une connaissance approfondie de la structure et du repliement dans l’espace des protéines et des propriétés physico-chimiques qui en découlent. Ils sauront manipuler ces protéines à l’aide d’outils bio-informatiques (bases de données, logiciels d’analyse et d’observation 3D). Ces connaissances maîtrisées, les parties portant sur les techniques d’expression et de purification des protéines leur permettront de cibler une protéine et développer une stratégie de production et purification adaptée à l’étude structurale, topologique et fonctionnelle envisagée.

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