Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

• Session :
  • Les 17 & 18 octobre 2022 à Paris

// De 9h00 à 17h00

• Durée : 2 journées – 14 heures
• Pédagogie : Effectif : 8 Personnes

Travaux pratiques, analyses de jeux de données
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

• Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant

• Accessibilité :

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

• Référence : BMC-41

• Frais pédagogiques :

1200 € HT / Académiques : 1000 € HT

Déjeuners offerts

• Formateur :

M. A. Corneau

• Public concerné :

Chercheurs, ingénieurs et techniciens

• Prérequis :

Des connaissances de base en analyse de données et de FlowJo en cytométrie sont requises

Programme

Les différentes approches analytiques de haute dimension (1h)

 > Analyses supervisées manuelles : avantages / inconvénients

 > Analyses non supervisées automatiques : 

– Réduction de dimension

– Analyse par cluster

> Comparatif cytométrie en flux vs cytométrie de masse

Pratique : Discussion sur les acquis et les bases de chaque participant et présentation générale des différents algorithmes abordés au cours de la formation

SPADE (4h)

 > Prise en main de Cytobank

 > Réalisation d’un arbre SPADE sur Cytobank

 > Analyse et validation d’un arbre SPADE avec SPADEVizr

 > Exploitation des données SPADE sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant SPADE

Analyse booléenne (2h)

 > Prise en main de FlowJo

 > Réalisation des gates booléennes sur FLowJo

 > Exploitation des données de gates booléennes sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant les booléennes

viSNE (3h)

 > Réalisation d’une analyse viSNE sur Cytobank

 > Analyse d’une empreinte viSNE 

 > Gating automatique du viSNE et analyse en heatmap avec SPADEVizr

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant viSNE

hSNE (2h)

 > Prise en main de Cytosplore

 > Réalisation d’une analyse hSNE sur Cytosplore

 > Analyse des clusters hSNE par heatMap

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant cytosplore

Citrus (2h)

 > Réalisation d’une analyse Citrus sur Cytobank

 > Présentation et décryptage du rendu Citrus

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant Citrus

Equipement

Logiciels d’analyse FlowJo, Tableau et Cytobank

OBJECTIFS/COMPÉTENCES

• Connaitre et appréhender l’analyse des données multiparamétriques en utilisant les logiciels Cytobank, FlowJo, Tableau
• Mettre en évidence la complémentarité des logiciels
• Créer un pipeline d’analyse pour répondre à une question biologique