Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

• Session : Les 18 et 19 mai 2020 à Paris
  • De 9h00 à 17h00

• Durée : 2 journées – 14 heures
• Pédagogie : Effectif : 8 Personnes
  Remise de support de cours
  La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
• Référence : BMC-41

• Frais pédagogiques : 1200 € HT / Académiques : 1000 € HT

• Public concerné : Chercheurs, ingénieurs et techniciens; Des connaissances de base en analyse de données et de FlowJo en cytométrie sont requises

Programme

A – Les différentes approches analytiques de haute dimension (1h)

Analyses supervisées manuelles : avantages / inconvénients

Analyses non supervisées automatiques : 

– Réduction de dimension

– Analyse par cluster

Comparatif cytométrie en flux vs cytométrie de masse

Pratique : Discussion sur les acquis et les bases de chaque participant et présentation générale des différents algorithmes abordés au cours de la formation

B – SPADE (4h)

Prise en main de Cytobank

Réalisation d’un arbre SPADE sur Cytobank

Analyse et validation d’un arbre SPADE avec SPADEVizr

Exploitation des données SPADE sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant SPADE

C – Analyse booléenne (2h)

Prise en main de FlowJo

Réalisation des gates booléennes sur FLowJo

Exploitation des données de gates booléennes sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant les booléennes

D – viSNE (3h)

Réalisation d’une analyse viSNE sur Cytobank

Analyse d’une empreinte viSNE 

Gating automatique du viSNE et analyse en heatmap avec SPADEVizr

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant viSNE

E – hSNE (2h)

Prise en main de Cytosplore

Réalisation d’une analyse hSNE sur Cytosplore

Analyse des clusters hSNE par heatMap

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant cytosplore

F – Citrus (2h)

Réalisation d’une analyse Citrus sur Cytobank

Présentation et décryptage du rendu Citrus

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant Citrus

Equipement

Logiciels d’analyse FlowJo, Tableau et Cytobank

OBJECTIFS

• Connaitre et mieux appréhender l’analyse des données multiparamétriques en utilisant les logiciels Cytobank, FlowJo, Tableau.
• Cette formation mettra en évidence la complémentarité des logiciels.
• Savoir créer un pipeline d’analyse pour répondre à une question biologique.