- Session :
- Les 17 & 18 octobre 2022 à Paris
// De 9h00 à 17h00
- Durée : 2 journées – 14 heures
- Pédagogie : Effectif : 8 Personnes
Travaux pratiques, analyses de jeux de données
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
- Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant
- Accessibilité :
Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap
- Référence : BMC-41
- Frais pédagogiques :
1200 € HT / Académiques : 1000 € HT
Déjeuners offerts
- Formateur :
M. A. Corneau
- Public concerné :
Chercheurs, ingénieurs et techniciens
- Prérequis :
Des connaissances de base en analyse de données et de FlowJo en cytométrie sont requises
Programme
Les différentes approches analytiques de haute dimension (1h)
> Analyses supervisées manuelles : avantages / inconvénients
> Analyses non supervisées automatiques :
– Réduction de dimension
– Analyse par cluster
> Comparatif cytométrie en flux vs cytométrie de masse
Pratique : Discussion sur les acquis et les bases de chaque participant et présentation générale des différents algorithmes abordés au cours de la formation
SPADE (4h)
> Prise en main de Cytobank
> Réalisation d’un arbre SPADE sur Cytobank
> Analyse et validation d’un arbre SPADE avec SPADEVizr
> Exploitation des données SPADE sur Tableau
Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant SPADE
Analyse booléenne (2h)
> Prise en main de FlowJo
> Réalisation des gates booléennes sur FLowJo
> Exploitation des données de gates booléennes sur Tableau
Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant les booléennes
viSNE (3h)
> Réalisation d’une analyse viSNE sur Cytobank
> Analyse d’une empreinte viSNE
> Gating automatique du viSNE et analyse en heatmap avec SPADEVizr
Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant viSNE
hSNE (2h)
> Prise en main de Cytosplore
> Réalisation d’une analyse hSNE sur Cytosplore
> Analyse des clusters hSNE par heatMap
Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant cytosplore
Citrus (2h)
> Réalisation d’une analyse Citrus sur Cytobank
> Présentation et décryptage du rendu Citrus
Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant Citrus
Equipement
Logiciels d’analyse FlowJo, Tableau et Cytobank
OBJECTIFS/COMPÉTENCES
- Connaitre et appréhender l’analyse des données multiparamétriques en utilisant les logiciels Cytobank, FlowJo, Tableau
- Mettre en évidence la complémentarité des logiciels
- Créer un pipeline d’analyse pour répondre à une question biologique
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Dernière modification le 17 février 2022 à 15:03