Théorique & Pratique

Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

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  • Session :
    • Les 20 & 21 mai 2021 à Paris

// De 9h00 à 17h00

  • Durée : 2 journées – 14 heures
  • Pédagogie : Effectif : 8 Personnes

Travaux pratiques, analyses de jeux de données
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

  • Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours couleur // Un paperboard // Un ordinateur par participant

  • Accessibilité :

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

  • Référence : BMC-41
  • Frais pédagogiques :

1200 € HT / Académiques : 1000 € HT

Déjeuners offerts

  • Formateur :

M. A. Corneau

  • Public concerné :

Chercheurs, ingénieurs et techniciens

  • Prérequis :

Des connaissances de base en analyse de données et de FlowJo en cytométrie sont requises


Programme

 

Les différentes approches analytiques de haute dimension (1h)

 > Analyses supervisées manuelles : avantages / inconvénients

 > Analyses non supervisées automatiques : 

– Réduction de dimension

– Analyse par cluster

> Comparatif cytométrie en flux vs cytométrie de masse

Pratique : Discussion sur les acquis et les bases de chaque participant et présentation générale des différents algorithmes abordés au cours de la formation

SPADE (4h)

 > Prise en main de Cytobank

 > Réalisation d’un arbre SPADE sur Cytobank

 > Analyse et validation d’un arbre SPADE avec SPADEVizr

 > Exploitation des données SPADE sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant SPADE

Analyse booléenne (2h)

 > Prise en main de FlowJo

 > Réalisation des gates booléennes sur FLowJo

 > Exploitation des données de gates booléennes sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant les booléennes

viSNE (3h)

 > Réalisation d’une analyse viSNE sur Cytobank

 > Analyse d’une empreinte viSNE 

 > Gating automatique du viSNE et analyse en heatmap avec SPADEVizr

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant viSNE

hSNE (2h)

 > Prise en main de Cytosplore

 > Réalisation d’une analyse hSNE sur Cytosplore

 > Analyse des clusters hSNE par heatMap

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant cytosplore

Citrus (2h)

 > Réalisation d’une analyse Citrus sur Cytobank

 > Présentation et décryptage du rendu Citrus

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant Citrus

 

Equipement

Logiciels d’analyse FlowJo, Tableau et Cytobank

OBJECTIFS/COMPÉTENCES

  • Connaitre et appréhender l’analyse des données multiparamétriques en utilisant les logiciels Cytobank, FlowJo, Tableau
  • Mettre en évidence la complémentarité des logiciels
  • Créer un pipeline d’analyse pour répondre à une question biologique

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Dernière modification le 14 septembre 2020 à 20:30