Formation théorique

Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

Session :

Les 24 et 25 juin 2019 à Lyon

// De 9h00 à 17h00

> Durée :

2 journées – 14 heures

> Pédagogie :

Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une riche iconographie que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BMC-19

> Frais pédagogiques

1000 € HT

Académiques : 900 € HT

> Intervenant :

Dr. J. Lachuer

> Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes.


PROGRAMME

Préparation d’échantillons pour le séquençage NGS dans le cadre d’étude sur le transcriptome, génome, régulome, épigénome et métagénome.

Les techniques de prélèvement, de transport, de conservation des échantillons biologiques.

Les techniques d’extraction d’acides nucléiques (ARN, ADN, miRNA) sur échantillons frais, congelés ou fixés.

Le cas des plantes, des insectes, des bactéries et d’échantillons complexes.

Les méthodes de quantification et de qualification des acides nucléiques. La détection de contamination.

Les techniques d’amplification des ADN, ARN ou miRNA avant séquençage.

Chapitre 2 : Les technologies de séquençage

Les technologies de séquençage  2ème et 3 éme génération

Le vocabulaire du séquençage (notion de profondeur, couverture…)

Quelle technologie choisir en fonction des analyses à réaliser (courts ou longs fragments)

Chapitre 3 : Les méthodes d’analyse du transcriptome et du miRNome.

Les techniques de mRNA-seq ou de wholeRNA-seq (eucaryotes, procaryotes et virus)

Les analyses possibles à partir de données RNA-seq (étude de polymorphismes, ARN fusion, variants d’épissage, etc..)

RNAseq sur cellules fixées ou échantillons dégradés

RNAseq sur microquantités (<1ng)

Les techniques d’enrichissement d’ARN

Les techniques de séquençage de novo

Le séquençage des miRNA (smallRNA-seq)

Exemple d’analyse à partir d’exosomes ou de fluides biologiques

Autres applications du NGS sur les ARN (GROseq, RIPseq, CLASHseq)

Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….

Chapitre 4 : Les méthodes d’analyse du génome et du régulome.

Les techniques de DNA seq (eucaryotes, procaryotes et virus)

Les techniques d’enrichissement de génome ou partie de génome

DNAseq sur cellules fixées (FFPE) et échantillons dégradés

DNAseq sur microquantités

Application pour l’étude de variants structuraux

Application au séquençage de novo

Principes et applications de quelques technologies (ATAC seq, FAIRE seq…..)

Etude de la méthylation par BS-seq (Bisulfite séquencing)

Etude de la méthylation par RRBS (Reduced representation bisulfite sequencing)

Etude de régulome par ChIP-seq

Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….

Chapitre 5 : Etude du métagénome

Dans ce chapitre sont abordées les technologies permettant de caractériser une population bactérienne, virale ou fongique dans différents contextes de microbiote.

Les technologies d’analyse abordées seront :

Analyse de rADN 16S (bactéries)

Analyse des ITS (Internal Transcribed Spacer)

Analyse par  Shotgun

Les technologies d’enrichissement de génome ou transcriptome par rapport à des génomes hôtes seront présentées et des exemples de cas analysés au cours de la séance.

Chapitre 6 : Autres applications du NGS

Dans ce chapitre seront abordées les technologies permettant de rechercher l’association entre génotype et phénotype dans différents systèmes biologiques.
Ces technologies abordées sont

Le transposon-Seq (Tn-seq, INS-seq),

Le barecoding seq (Bare-Seq)

Autres technologies

Chapitre 7 : Les technologies d’analyse génomique sur cellules uniques

Les technologies de séparation des cellules individuellement (capture laser, techniques de dropplet, de microfluidique, de dilution, de DEP, etc…)

Les approches pour l’analyse du transcriptome, du génome et du méthylome sur cellules uniques.

OBJECTIFS

  • Les nouvelles technologies de séquençage à très haut-débit révolutionnent de nombreuses approches expérimentales en biologie moléculaire et évolutive. Leurs applications couvrent de très nombreux domaines aussi divers que la transcriptomique, la génomique, l’épigénomique, ou encore la métagénomique. Ces applications génèrent toutes des quantités impressionantes de séquences courtes et exigent des échantillons de bonnes qualités. Notre formation a pour objectif de vous permettre de mieux préparer vos échantillons.

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