Formation théorique

Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique

> Session :

Les 20, 21 & 22 mars 2017 à Lyon

> Durée : 3 journées – 21 heures

> Pédagogie : Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une riche iconographie (films et photos) que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BIF-01

> Frais pédagogiques

1400 € HT

Académiques : 1200 € HT

> Intervenant : Dr. A. S. Sertier

> Public concerné :

Personnels scientifiques et techniques


PROGRAMME

INTRODUCTION À LA RECHERCHE D’INFORMATION À PARTIR DE SÉQUENCES NUCLÉIQUES
Présentation des bases de données de séquences nucléiques généralistes (GeneBank, EMBL, DDJB) et spécialisées.
Présentation du principe et des méthodes de recherche de séquences par similarité dans les banques.
Présentation des outils d’interrogation des banques
Objectifs : choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données

PRATIQUE : RECHERCHE DE SIMILARITÉ ET INTERROGATION DES BANQUES DE SÉQUENCES NUCLÉIQUES)
Introduction aux technologies NGS (Next Generation Sequencing)
Présentation des différentes technologies de séquençages : leurs avantages et inconvénients et leurs applications.
Présentation des différentes types de données analysées avec les NGS
Objectifs : Comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l’utilisation des données NGS

GENE ONTOLOGY (GO)
Présentation de GO, GO Annotation (GOA), BlastToGo
Objectifs : comprendre le concept d’une ontologie et son utilité pour l’analyse de séquences
Pratique : Utilisation de QuickGO pour naviguer dans GO et rechercher des annotations particulières. Utilisation de BlastToGo pour annoter des séquences

ACCÉDER AUX GÉNOMES ET À LEURS ANNOTATIONS
Présentation des différents navigateurs de génomes (dont le projet Ensembl) : avantages et limites de chacun.
Objectifs : Comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur
Pratique : Utilisation d’Ensembl (recherche et visualisation de différentes informations sur un gène donné)
Analyser, manipuler et visualiser des données génomiques sans programmation
Présentation du projet EMBOSS et des plateformes web BioMart et Galaxy
Objectifs : Apprendre à choisir et utiliser l’outil le mieux adapté à une question donnée
Pratique : Utilisation de BioMart (requêtes simples et complexes) et Galaxy :mise en place d’un workflow (enchaînement de différentes opérations sur un jeu de données)

OBJECTIFS

  • Choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données
  • Comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l’utilisation des données NGS.
  • Comprendre le concept d’une ontologie et son utilité pour l’analyse de séquences
  • Comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur
  • Apprendre à choisir et utiliser l’outil le mieux adapté à une question donnée

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