Formation théorique

Conduite d'un projet en Microbiologie expérimentale : de l'échantillon complexe à l'identification de la diversité microbienne

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  • Session :

En intra sur demande

  •  Durée : 2 journées – 14 heures
  •  Pédagogie : Effectif : 14 Personnes

Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

  • Référence : BACT-10
  •  Frais pédagogiques

1000 € HT

Académiques : 900 € HT

  • Intervenant :

Dr. A. Bellaroussi & Dr H. Boubakri

  • Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, Ingénieurs, Techniciens)


PROGRAMME

Approche de séquençage haut-débit (NGS)

  • Différentes méthodes de séquençage

De Sanger aux séquenceurs de 3ème génération : évolution des techniques, principes, avantages/inconvénients.

  • Echantillons d’ADN nécessaires au séquençage

Évaluation de la qualité (taille/inhibiteurs) et quantité (Sur gel ? Nanodrop ? Qubit ?…).

Cas des échantillons pauvres en ADN ?

 

Diversité des communautés bactériennes

  • Définition du concept de diversité chez les procaryotes

Concept d’« Espèce » chez les bactéries, diversité taxonomique versus fonctionnelle, évaluation de la composition/structure/abondance des communautés…

  • Metabarcoding versus WGS 

Présentation des deux stratégies : échantillonnage, choix des marqueurs et comment s’affranchir de la PCR pour le métabarcoding, couverture et profondeur du séquençage, théorie sur le process d’analyse…

Comparaison des deux approches : avantages et limites selon l’objectif scientifique.

  • Étude des gènes fonctionnels : intérêt et construction de banques métagénomiques, criblage fonctionnel…

 

Analyse des génomes bactériens par « Génomique Comparée »

  • Manipulation insilico d’un génome assemblé et annoté (MAGE)

Se positionner dans le génome, retrouver des informations sur les gènes, visualisation génome complet, export data…

  • Notions de Génomique Comparative (MAGE et MAUVE) :

Recherche de synténie génétique, génome mapping…

  • Des génomes aux voies métaboliques (KEGG)

OBJECTIFS

  • Les méthodes de séquençage haut débit : principes, avantages et inconvénients, choix de la/les méthodes la/les plus adéquate(s) selon l’expérimentation mise en place.

 

  • L’analyse de la biodiversité microbienne : notion de « diversité », évaluation par des approches métagénomiques versus métabarcoding.

 

  • La génomique comparée des procaryotes : apports de la génomique comparée, présentation de l’outil MAGE

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