Formation théorique
Conduite d'un projet en Microbiologie expérimentale : de l'échantillon complexe à l'identification de la diversité microbienne
S'inscrire- Session :
En intra sur demande
- Durée : 2 journées – 14 heures
- Pédagogie : Effectif : 14 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
- Référence : BACT-10
- Frais pédagogiques
1000 € HT
Académiques : 900 € HT
- Intervenant :
Dr. A. Bellaroussi & Dr H. Boubakri
- Public concerné :
Biologistes (Chercheurs, Ingénieurs, Techniciens)
PROGRAMME
Approche de séquençage haut-débit (NGS)
- Différentes méthodes de séquençage
De Sanger aux séquenceurs de 3ème génération : évolution des techniques, principes, avantages/inconvénients.
- Echantillons d’ADN nécessaires au séquençage
Évaluation de la qualité (taille/inhibiteurs) et quantité (Sur gel ? Nanodrop ? Qubit ?…).
Cas des échantillons pauvres en ADN ?
Diversité des communautés bactériennes
- Définition du concept de diversité chez les procaryotes
Concept d’« Espèce » chez les bactéries, diversité taxonomique versus fonctionnelle, évaluation de la composition/structure/abondance des communautés…
- Metabarcoding versus WGS
Présentation des deux stratégies : échantillonnage, choix des marqueurs et comment s’affranchir de la PCR pour le métabarcoding, couverture et profondeur du séquençage, théorie sur le process d’analyse…
Comparaison des deux approches : avantages et limites selon l’objectif scientifique.
- Étude des gènes fonctionnels : intérêt et construction de banques métagénomiques, criblage fonctionnel…
Analyse des génomes bactériens par « Génomique Comparée »
- Manipulation in–silico d’un génome assemblé et annoté (MAGE)
Se positionner dans le génome, retrouver des informations sur les gènes, visualisation génome complet, export data…
- Notions de Génomique Comparative (MAGE et MAUVE) :
Recherche de synténie génétique, génome mapping…
- Des génomes aux voies métaboliques (KEGG)
OBJECTIFS
- Les méthodes de séquençage haut débit : principes, avantages et inconvénients, choix de la/les méthodes la/les plus adéquate(s) selon l’expérimentation mise en place.
- L’analyse de la biodiversité microbienne : notion de « diversité », évaluation par des approches métagénomiques versus métabarcoding.
- La génomique comparée des procaryotes : apports de la génomique comparée, présentation de l’outil MAGE