Formation théorique

Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS) : applications à l'analyse du génome, du méthylome et du régulome d'échantillons complexes

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> Session :

Les 26 & 27 juin 2017 à Lyon

> Durée : 2 journées – 14 heures

> Pédagogie : Effectif : 14 Personnes
La formation repose sur une riche iconographie que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Référence : BMC-19-2

> Frais pédagogiques

1000 € HT

Académiques : 900 € HT

> Intervenant : Dr. J. Lachuer

> Public concerné :

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes.


PROGRAMME

LES DIFFÉRENTES TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE NOUVELLE GÉNÉRATION

Les différentes technologies de séquençage
Les différentes applications du NGS à l’analyse de la structure du génome (DNAseq), des interactions ADN/protéines (DNAse-seq, FAIRE seq, ChIP-seq, ATAC-seq) du méthylome (BS-seq, MEDIP-seq, RRBS etc..) et des réarrangements de séquences (TN-seq, INS-seq)

LES TECHNIQUES DE PRÉLÈVEMENTS ET DE CONSERVATION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES POUR LE SÉQUENÇAGE D’ADN

Prélèvements cliniques frais ou congelés
Prélèvement à partir de culture cellulaire
Prélèvement à partir de milieux hétérogènes et complexes (eau, air, sols)
Milieux difficiles (urine, expectorations, fécès, fluides biologiques)
A partir de Tissus FFPE
Prélèvements biologiques de terrain destinés aux applications de Metatranscriptome (microbiome )
Discussion sur les milieux de conservation (RNAlater, solution alcoolique, milieu de lyse, Trizol..)

LES TECHNIQUES D’EXTRACTION DES ADN ET LES CONTRÔLES QUALITÉ

LES TECHNIQUES D’AMPLIFICATION DES ADN

LES TECHNIQUES D’ENRICHISSEMENT ET DE RÉDUCTION DE COMPLEXITÉ AVANT SÉQUENÇAGE

Les techniques d’enrichissement d’ADN avant séquençage :
Enrichissement d’Exome
Les différentes techniques de capture « à façon »
Méthode Rad-seq (restriction site DNA sequencing)
Méthode RRBS (region restriction bisulfite sequencing)
Techniques basée sur l’analyse d’amplicons
Enrichissement de génomes viraux ou bactériens à partir de tissus ou fluides biologiques
Les méthodes de customisationLes techniques d’enrichissement cellulaire avant analyse du génome, méthylome et régulome : Microdissection par capture laser
Tri manuel
Tri par FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)
Tri par gradient de densité
Tri sur billes magnétiques
Tri par microfluidique

LES PRÉPARATIONS DE LIBRAIRIES

Analyse de génomes
Analyse du méthylome et de l’acétylome
Analyse du régulome
MÉTHODES DE PRÉPARATION DE LIBRAIRIES POUR L’ETUDE DU GENOME ET DU METHYLOME À PARTIR DE CELLULE UNIQUE
APPLICATIONS SUR DES CAS CONCRETS ET DISCUSSION

OBJECTIFS

  • Les nouvelles technologies de séquençage à très haut-débit révolutionnent de nombreuses approches expérimentales en biologie moléculaire et évolutive. Leurs applications couvrent de très nombreux domaines aussi divers que la transcriptomique, la génomique, l’épigénomique, ou encore la métagénomique. Ces applications génèrent toutes des quantités impressionantes de séquences courtes et exigent des échantillons de bonnes qualités. Notre formation a pour objectif de vous permettre de mieux préparer vos échantillons.

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