Lyon synergie Cancer

Oncologie & data-omic

Data-omics en cancérologie : utilisation des bases de données publiques

Les 27 et 28 septembre 2018 à Lyon

> De la séquence aux bases de données

Les grands projets de séquençage (historique, technologies NGS, Big Data).
Vue d’ensemble des principales ressources en génomique du cancer.
Description des bases de données par type d’annotation (variation génétique, type de cancer), exemple avec Cosmic.
Les outils d’analyse pour explorer les données omics.

> Les  grands projets internationaux

TCGA (accès aux données, visualisation, exploration).
ICGC (accès aux données, visualisation, exploration).
Des exemples de questions biologiques seront réalisés en TP.

Analyse de données d’expression de gènes sur cohorte en R pour la cancérologie

Du 7 au 9 novembre 2018 à Lyon

> Construire un projet d’analyse de données d’expression.

> Contrôles qualité de la cohorte

  • Biais (technique, biologique)
  • Puissance statistique
  • Normalisation des données

> Exploration de données en analyses non supervisées :

  • Classification hiérarchique, heatmap et stabilité des clusters
  • Analyse en composantes principales (PCA)

> Tests statistiques : analyses supervisées

  • Les tests paramétriques spécifiques (e.g., limma, DESeq, …)
  • Correction tests multiples

> Signatures transcriptionnelles

  • Quantification de l’activité cellulaire à partir du transcriptome avec ssGSEA
  • Application de classifications moléculaires établies avec diverses methodes (LDA, centroides, …)

> Bilan, discussion et questions

Immunité anti-tumorale

 Le 30 mars 2018

 

> SYSTÈME IMMUNITAIRE : RAPPELS

– Activation lymphocytaire et tolérance

> LA STRATÉGIE DU SYSTÈME IMMUNITAIRE DANS LA RÉPONSE ANTI-TUMORALE

– Les lymphocytes T cytotoxiques
– Les lymphocytes Natural Killers
– Lymphocytes T non conventionnels
– Les mécanismes de cytotoxicité
– La voie perforine- granzyme , la voie Fas/FasL, ADCC

> LES ANTIGÈNES TUMORAUX ET LEUR PRÉSENTATION

– Cellules dendritiques et réponse immunitaire anti-tumorale

> LA STRATÉGIE DES TUMEURS

– Échappement des cellules malignes aux stratégies du SI
– Neutralisation et détournement des stratégies du SI -Treg
– Facteurs immunosuppresseurs
– Matrice extracellulaire

> LES IMMUNOTHÉRAPIES ANTI-TUMORALES

– Immunothérapie anticancéreuse passive
– Immunothérapie anticancéreuse active

Initiation à la programmation pour l’analyse de données génomiques

Du 25 au 27 juin 2018 à Lyon

 

> Introduction au langage Python

Les bases de la programmation Python sont explorées à travers l’utilisation de l’interpréteur.

Les notions de programmation nécessaires à l’élaboration d’un programme complet sont ensuite détaillés et mis en pratique via la création de petits scripts.

Les bibliothèques utiles pour la génomique (par ex. Biopython, pyVCF, pyFASTA) sont présentées et utilisées pour la création d’un programme complet.

 

> Introduction au langage BASH

Les bases du langage BASH sont explorées à travers l’utilisation de l’interpréteur.

 

> Les données en génomiques

Revue des différents formats de fichiers (Fasta, Fastq, VCF, BED, SAM, BAM, etc.)

Présentation et utilisation des boîtes à outils incontournables pour l’analyse de données génomiques (ex. Bedtools, Samtools, Biobambam)

 

> Création de pipelines

Aspects théoriques pour construire un pipeline :

Qu’est-ce qu’un pipeline d’analyse de données ?

Définition des entrées et sorties

Automatisation et parallélisation des tâches.

Adaptation d’un pipeline existant pour répondre à ses besoins

Adapter son jeu de données pour l’intégrer à un pipeline existant (par exemple par la conversion de format).

Adapter un pipeline existant à son jeu de données (par exemple en sélectionnant les tâches d’intérêt).

Création d’un pipeline d’analyse

Conversion de format, analyse de fichiers VCF de variants (filtres des variants), manipulation de fichiers au format BED.

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