Formation théorique

Génomique de la cellule unique

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  • Sessions :
    • Le 9 septembre 2019 à Lyon
    • Le 7 septembre 2020 à Lyon
    • De 9h00 à 17h00
  • Durée : 1 journée – 7 heures
  • Pédagogie : Effectif : 14 Personnes

Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

  • Référence : BMC-25

> Frais pédagogiques

500 € HT

Académiques : 450 € HT

> Intervenant : M. J. Lachuer

> Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) souhaitant s’initier aux technologies de séquençage à l’échelle de la cellule unique : single cell.


PROGRAMME

Les méthodes de dissociation des tissus

Les méthodes de fixation des tissus avant dissociation

Les technologies d’isolement cellulaire (microfluidique, nano gouttelettes, capture laser, filtre,  cages électriques…)

Les méthodes d’amplification de l’ARN/ADN sur cellule unique (à partir du lysat cellulaire)

Les technologies d’analyse (PCR/NGS fragments courts et fragments longs)

Application à l’étude du transcriptome (expression différentielle, analyse de variants, ARN fusion)

Application à l’analyse du génome (whole genome sequencing, whole exome, ATAC-seq…)

Application à l’étude du méthylome par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

Analyse multi-omique sur cellule unique

Les méthodes d’analyse bioinformatique (introduction)

Discussion sur les projets des auditeurs 

OBJECTIFS

  • Connaître les techniques de dissociation tissulaire (tissus fixés ou non)
  • Connaître les différentes technologies permettant d’isoler et de traiter les cellules à l’échelle unique
  • Connaître les avantages et inconvénients de chacune d’entre elles
  • Connaître les prérequis en terme d’input cellulaire (quantité, qualité)
  • Connaître les technologies d’amplification d’ARN ou ADN à partir de lysat cellule unique.
  • Connaître les technologies de scRNA seq (3’end ou full length) pour les analyse d’ARN. Utilisation des UMI (unique molecular identifier)
  • Connaître le príncipe des technologies de séquençage d’exome ou de WGS ou d’autres technologie (exemple ATAC-seq) sur cellules unique
  • Connaître les príncipes des technologies d’analyse du méthylome sur cellule unique (RRBS)
  • Savoir calculer les profondeurs de séquençage nécessaire pour une étude sur cellule unique et décider du taux de multiplexage à utiliser
  • Connaitre les technologies de séquençage (courts fragments et longs fragments, single read ou paired-end….) et leur adaptation aux études en cellule unique
  • Savoir apprécier la qualité du séquençage (Q30, score d’alignement, taux d’erreur)
  • Connaître les techniques d’amplification multiplex (cas d’une analyse par PCR par la technologie Biomark par exemple)

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