Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet

• Session :

Les 10 & 11 décembre 2020 à Paris

J1 : 13h30-17h et J2 : 9h-17h

• Durée :

1,5 journées – 10,5 heures

• Pédagogie : Effectif : 12 Personnes

Mise en situation et exercices pratiques

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

• Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours couleur // Un paperboard

• Référence : BMC-18

• Frais pédagogiques :

750 € HT – Académiques : 640 € HT

• Formateurs :

Mme S. Hughes & M. B. Gillet

• Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, assistant ingénieurs, techniciens, étudiants), Médecin, Pharmacien ayant un projet NGS et souhaitant faire le point sur l’ensemble des technologies disponibles et des avantages/inconvénients de chacune en fonction des projets.

• Prérequis :

Compétence de base en Biologie Moléculaire

PROGRAMME

A. Les méthodes de séquençages : principes

Présentation des différentes méthodes de séquençage à haut-débit

Principe et fonctionnement

Capacité de séquençage

Comparatif des différences méthodes, forces et faiblesses

Les technologies de demain

B. De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques

1. Préparation des échantillons
1.1. Les différentes étapes clés méthodologiques
1.2. Garantir la qualité des données de séquençage
1.3. Penser son expérimentation
1.4. La production des échantillons biologiques
1.5. Extraction et purification des acides nucléiques

2. Captures et enrichissement
2.1. Principe
2.2. Les méthodes de capture et d’enrichissement
2.3. Capture d’hybrides
2.4. Amplification PCR
2.5. Immunoprécipitation

3. Autres approches méthodologiques

4. Construction des différents types de banques
4.1. Les étapes clés
4.2. Construction des banques à ADN
4.3. Construction des banques à partir d’ARN
4.4. Veille et innovation technologique

5. Préparation de banques et séquençage sur plateforme Ion Torrent PGM : exemple

C. L’analyse des données de séquençage

Introduction
La production des données
L’analyse
Les bases de données
Conclusions

D. Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de mon application ?

Introduction
La génomique structurale
La génomique fonctionnelle
Métagénomique et environnement
Conclusions

E. Bilan, discussion et questions

OBJECTIFS/COMPETENCES

Différencier les techniques de séquençage à haut-débit: distinguer et comparer les différentes technologies NGS

Acquérir les principes de fonctionnement des différentes technologies NGS pour critiquer, différencier, identifier, et choisir la meilleure technologie en fonction du besoin

Connaitre les différentes applications possibles des méthodes NGS et leurs spécificités.

Définir, justifier et recommander une technologie NGS en fonction de l’application souhaitée

Différencier les grandes étapes méthodologiques, avant et après séquençage, pour mettre en oeuvre son projet de séquençage

Améliorer, concevoir et appliquer de nouveaux protocoles adaptés à ses projets