Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet

• Session :
  • Les 11 et 12 mai 2020 à Lyon (11 après midi – 12 journée)
  • J1 : 13h30-17h et J2 : 9h-17h
  • Les les 10 & 11 décembre 2020 à Paris (1,5 jours)
  • J1 : 13h30-17h et J2 : 9h-17h

• Durée :

1,5 journées – 10,5 heures

• Pédagogie : Effectif : 12 Personnes

Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

• Référence : BMC-18

> Frais pédagogiques

750 € HT

Académiques : 640 € HT

> Intervenant :

Mme S. Hughes & M. B. Gillet

> Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant un projet NGS et souhaitant faire le point sur l’ensemble des technologies disponibles et des avantages/inconvénients de chacune en fonction des projets.

PROGRAMME

A. Les méthodes de séquençages : principes

Présentation des différentes méthodes de séquençage à haut-débit

Principe et fonctionnement
Capacités de séquençage
Comparatif des différentes méthodes, forces et faiblesses
Les technologies de demain

B. De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques

1. Préparation des échantillons
1.1. Les différentes étapes clés méthodologiques
1.2. Garantir la qualité des données de séquençage
1.3. Penser son expérimentation
1.4. La production des échantillons biologiques
1.5. Extraction et purification des acides nucléiques

2. Captures et enrichissement
2.1. Principe
2.2. Les méthodes de capture et d’enrichissement
2.3. Capture d’hybrides
2.4. Amplification PCR
2.5. Immunoprécipitation

3. Autres approches méthodologiques

4. Construction des différents types de banques
4.1. Les étapes clés
4.2. Construction des banques à ADN
4.3. Construction des banques à partir d’ARN
4.4. Veille et innovation technologique

5. Préparation de banques et séquençage sur plateforme Ion Torrent PGM : exemple

C. L’analyse des données de séquençage

Introduction
La production des données
L’analyse
Les bases de données
Conclusions

D. Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de mon application ?

Introduction
La génomique structurale
La génomique fonctionnelle
Métagénomique et environnement
Conclusions

E. Bilan, discussion et questions

OBJECTIFS

• Se familiariser avec les différentes techniques de séquençage à haut-débit et acquérir une connaissance générale de leur principe de fonctionnement

• Acquérir des notions sur les différentes applications possibles des méthodes NGS et sur les spécificités de chacune des méthodes

• Comprendre les grandes étapes méthodologiques avant et après séquençage pour mieux préparer son projet de séquençage