Formation théorique

Single Cell : génomique de la cellule unique

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  • Sessions :
    • Le 7 septembre 2020 à Lyon
    • Le 14 septembre 2021 à Paris

// De 9h00 à 17h00

  • Durée : 1 journée – 7 heures
  • Pédagogie : Effectif : 12 Personnes

Les applications décrites seront des cas concrets réalisés sur la plateforme de génomique et microgénomique profilexpert

Exercices d’application

Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et sur les connaissances spécifiques (50%)

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

  • Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement :

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours couleur // Un paperboard

  • Accessibilité :

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

  • Référence : BMC-25
  • Frais pédagogiques

530 € HT / Académiques : 480 € HT

Déjeuner offert

  • Formateur :

M. J. Lachuer

  • Public concerné :

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) souhaitant s’initier aux technologies de séquençage à l’échelle de la cellule unique : single cell

  • Prérequis : 

Aucun


PROGRAMME

Présentation de l’approche single cell et des différentes étapes pour la réalisation d’une analyse en cellule unique

 > Dissociation des tissus

 > Fixation des cellules

 > Marquage

 > Compartimentalisation des cellules

 > Amplification des acides nucléiques

Les technologies de séparation de cellules et d’amplification d’ADN ou ARN

 > Séparation des cellules

– Microfluidique

– Nano gouttelettes

– Capture laser

– Filtre 

– Cages électriques…

 > Amplification d’ADN ou ARN à partir du lysat cellulaire

Les technologies d’analyse

 > PCR/NGS fragments courts et fragments longs

Application à l’étude du transcriptome

 > Expression différentielle

 > Analyse de variants

 > ARN fusion

Application à l’analyse du génome

 > Whole genome sequencing

 > Whole exome

 > ATAC-seq…

Application à l’étude du méthylome par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

Analyse multi-omique sur cellule unique

Introduction aux méthodes d’analyse bioinformatique

Discussion sur les projets des auditeurs

OBJECTIFS

  • Connaître les techniques de dissociation tissulaire (tissus fixés ou non)
  • Connaître les différentes technologies permettant d’isoler et de traiter les cellules à l’échelle unique
  • Connaître les avantages et inconvénients de chacune d’entre elles
  • Connaître les prérequis en terme d’input cellulaire (quantité, qualité)
  • Connaître les technologies d’amplification d’ARN ou ADN à partir de lysat cellule unique.
  • Connaître les technologies de scRNA seq (3’end ou full length) pour les analyse d’ARN. Utilisation des UMI (unique molecular identifier)
  • Connaître le principe des technologies de séquençage d’exome ou de WGS ou d’autres technologie (exemple ATAC-seq) sur cellules unique
  • Connaître les principes des technologies d’analyse du méthylome sur cellule unique (RRBS)
  • Calculer les profondeurs de séquençage nécessaire pour une étude sur cellule unique et décider du taux de multiplexage à utiliser
  • Connaitre les technologies de séquençage (courts fragments et longs fragments, single read ou paired-end….) et leur adaptation aux études en cellule unique
  • Savoir apprécier la qualité du séquençage (Q30, score d’alignement, taux d’erreur)
  • Connaître les techniques d’amplification multiplex (cas d’une analyse par PCR par la technologie Biomark par exemple)

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